2.1住院收費系統中住院號自動可以生成，能方便管理和理患者多次住院和中途多次結帳或中途轉科等情況。能方便打印多種票據，包括預交款收據、患者費用清單、患者欠費通知單、出院結帳單、操作員日報表、病人醫療費一覽表等。系統還能夠同時采用按收費項目收費和按收費明細收費。輸入醫療費時，可以只輸入項目大類如“西藥”、“檢驗”。也可以明細到每個處方每個藥品名稱。收費項目庫能完全自定義，支持公費醫保等分類項目管理。
住院病人預交金是住院收費的主要款項，管理好這筆資金，是財務控制管理的重點，通過收費管理系統，能清楚的核實每個病人的押金情況。
2.2病人由住院處入院、進入病區治療，醫生站的藥療醫囑、處置醫囑、檢查醫囑等自動計價，護士站轉抄醫囑、檢查科室對收費項目的確認檢查，護士長審核醫囑手工計價，都是由系統自動完成，保證了收費項目的規范，準確不漏。HIS系統實現了“一日清單”制，增加了收費透明度，讓病人明明白白消費。
2.3為避免患者醫療費欠費現象，病房看到預交金預警提示，要及時催費，不允許在醫囑強制執行、計價單單獨計價，特殊情況要有院長批示，充補預交金。結算室要定期在收費管理系統中調閱在院病人催補預交金統計表，及時反饋。
住院結算在病人出院前，結算室會計將病人的全部費用進行再審核并打印出院結算費用清單。經患者簽字后辦理出院。
2.4結算審核各病房患者的費用時，對于超過萬元的費用，尤其ICU、新生兒、手術的患者，要單獨重點審核，并分析藥品醫療費用結構，及時上交，由醫務科組織臨床研究是否可以降低費用成本，合理用藥等問題。將費用控制在患者出院前。
在此，要求微機程序在收費管理模塊下設全院在院病人應收醫療費情況匯總（動態的數據），以便財務對大額的醫療費情況進行事前了解。
2.5每月通過計算機各種統計報表，計算出每年的單病種平均醫療費水平及醫保費用水平。能對各科室的每人次住院費用，醫保費用水平，不同病種在各病房的費用情況，并隨時跟蹤變化，據此來控制病房每患者的費用，變化過大就得引起重視。